食品和農產品的加工中，經常會遇到需對某些酶滅活處理的問題。例如從成熟谷粒軋制成的面粉，其α的活性很強，必須滅活處理。否則作出來的面包內部發韌，如用在其它方面（作粘接劑、加厚劑、填充劑）也是有問題的。歐洲國家生產小麥。因其α淀粉的活性特別強，更迫切需要使酶滅活，常用的方法是加熱面粉至遠高于64℃，這將導致面粉中水分喪失，還需要重新處理。但利用微波僅需加熱幾十秒，就能使酶的活性降低到允許的程度，還可殺死面粉中的大量微生物，又不影響面粉的主要特性。又如海參熟化，以往是海參需要不斷熟化脫水發水，那海參的營養成分就散失的很厲害，現在只需要低溫將海參做熟即可，微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對微生物的熱效應是使蛋白質變性，導致微生物死亡；而微波對微生物的生物效應使微波電場改變了細胞膜斷面的電徑分布，影響了細胞膜周圍電子和離子的濃度，從而改變了細胞膜的通透性能，使微生物生長發育受到抑制而死亡。此外足夠強的微波電場可以導致做生物的DNA、RNA中的氫鍵松弛、斷裂和重組。從而誘發遺傳基因突變。由于微波殺菌利用了熱效應和非熱效應對生物的破壞作用，因此，其殺菌溫度低于常規方法 現在對原味瓜子加工和煮瓜子加工分別進行講解，原味瓜子是經過人工手選后將飽滿的瓜子直接倒入料倉就可以進行加熱熟化到所需的成品溫度加工就行，通常是113度，溫控顯示溫度，而煮瓜子是將煮好的鹵味瓜子瀝干水后將瓜子倒入料倉，微波干設備自動進料系統經過蛟龍提升機將瓜子送到進料倉然后通過料斗的狼牙棒轉動將瓜子分撥到傳輸帶上進入微波加熱箱加熱烘干脫水熟化并且膨化酥脆。微波設備加熱是一種新型的加熱方式。無污染，無能耗，不需要熱傳導，加熱均勻，物料內外同時提溫，干燥速度奇快，現在濟南隆拓微波設備有限公司開發的微波設備具有自主開發的功能有自動調節轉速，自動根據溫度調節功率，自動結合溫度調整加熱時間，自動結合速度增加功率（比如我要加工瓜子，瓜子熟化溫度是110度，當我設定好溫度后，即使功率全開瓜子也不會溫度增加到115度，因為115度后瓜子進入熟化焦糊狀態，溫度不夠速度自動降低到溫度上升到合格溫度為止，所以我只需要設定好加工工藝后，轉速會自動便快或者變慢達到滿足溫度要求）還適用于炒貨領域大批量的各種干果類。如：核桃、板栗、杏仁、開心果、核桃仁、葵花子、西瓜子、南瓜子、無殼瓜子、花生、榛子、香榧、果仁等焙炒。